Nguồn gốc của các lực lượng quân đội và nhà lãnh đạo thống trị chính trị sau năm 1912 đến từ các cải cách quân sự vào cuối thời nhà Thanh. Trong Cuộc nổi dậy Thái Bình Thiên Quốc (1850–64), nhà Thanh buộc phải cho phép các tổng đốc thành lập lực lượng quân đội riêng, gọi là Hương binh, để chiến đấu chống lại quân Thái Bình nổi dậy; nhiều lực lượng trong số này không bị giải tán ngay cả khi Cuộc nổi dậy Thái Bình Thiên Quốc đã kết thúc, chẳng hạn như Hoài quân của Lý Hồng Chương.[4]

Mối liên kết bền chặt, ràng buộc gia đình và sự đối đãi tôn trọng trong quân đội được nhấn mạnh.[5] Sĩ quan không bao giờ bị luân chuyển, tướng lĩnh tự chọn lọc chỉ huy và chỉ huy thì tự chọn lọc binh lính. Do đó, không như Lục doanh và Bát kỳ, những mối liên kết trung thành cá nhân đã được hình thành giữa các sĩ quan địa phương và quân đội.[6] Thông qua những cải cách cuối triều đại, nhà Thanh không thành lập lực lượng quân đội quốc gia mà thay vào đó, tổng động viên lực lượng quân đội và dân quân địa phương, vốn thiếu sự tiêu chuẩn hóa cũng như tính kiên định. Các sĩ quan trung thành với cấp trên, thành lập bè cánh dựa trên địa vị xuất thân và gia cảnh. Mỗi đơn vị bao gồm những người đàn ông đến từ cùng một tỉnh thành. Chính sách này nhằm giảm thiểu tình trạng nhầm lẫn trong giao tiếp do phương ngữ, nhưng lại có tác dụng phụ là khuyến khích khuynh hướng địa phương. Mặc dù các tổng đốc hậu Cuộc nổi dậy Thái Bình Thiên Quốc thường không được công nhận là những người tiền nhiệm trực tiếp của các quân phiệt, nhưng thẩm quyền quân–dân sự kết hợp và quyền lực có phần to lớn hơn so với các tổng đốc thời trước của họ, đã cung cấp một hình mẫu cho các nhà lãnh đạo cấp tỉnh thời Cộng hòa. Sự phân mảnh sức mạnh quân sự do nhà Thanh thiếu một lực lượng quân sự thống nhất, trầm trọng hơn bởi chủ nghĩa địa phương tỉnh lẻ giữa cuộc cách mạng, cũng là một nhân tố mạnh mẽ đứng sau sự sinh sôi nảy nở của các quân phiệt. Ngoài những trở ngại về hành chính và tài chính, chính phủ Thanh mạt dường như còn dựa vào cấu trúc quân sự chia rẽ này để duy trì quyền kiểm soát chính trị.[7]

Sự khinh miệt mà Nho giáo dành cho quân đội bị gạt sang một bên bởi sự cần thiết ngày càng gia tăng của chủ nghĩa chuyên nghiệp quân sự, với việc các quan chức trở nên quân sự hóa mạnh mẽ, và nhiều sĩ quan không có xuất thân Nho sĩ, vươn lên nắm quyền chỉ huy cấp cao, thậm chí giữ các chức vụ quan trọng trong bộ máy dân sự. Ở thời điểm này, quân sự lấn át công vụ.[8] Ảnh hưởng từ quan niệm của Đức và Nhật Bản về ưu thế quân sự đối với quốc gia, cùng với sự thiếu vắng tính thống nhất quốc gia giữa các bè cánh khác nhau trong tầng lớp sĩ quan, đã dẫn đến tình trạng phân mảnh quyền lực trong Thời đại quân phiệt.[9]

Lực lượng quân đội khu vực mạnh nhất là quân Bắc Dương đóng ở phía bắc, nằm dưới sự chỉ huy của Viên Thế Khải, được huấn luyện tốt và trang bị vũ khí tối tân nhất.[10] Cách mạng Tân Hợi năm 1911 kéo theo nhiều cuộc binh biến lan rộng khắp miền nam Trung Quốc. Cách mạng bắt đầu vào tháng 10 năm 1911, với cuộc binh biến quân đội tại Vũ Xương (Vũ Hán ngày nay). Những binh lính từng trung thành với chính quyền nhà Thanh bắt đầu đào tẩu sang phe đối lập. Lực lượng cách mạng thành lập một chính phủ lâm thời ở Nam Kinh ngay trong năm sau, dưới quyền bác sĩ Tôn Dật Tiên, người vừa trở về sau khoảng thời gian dài tha hương để lãnh đạo cách mạng. Rõ ràng là quân cách mạng không đủ mạnh để đánh bại quân Bắc Dương và nếu tiếp tục chiến đấu thì gần như chắc chắn họ sẽ phải nhận thất bại. Thay vào đó, Tôn Dật Tiên thương lượng với chỉ huy Bắc Dương Viên Thế Khải để đặt dấu chấm hết cho nhà Thanh và tái thống nhất Trung Quốc. Đổi lại, Tôn Dật Tiên sẽ bàn giao chức tổng thống của mình và tiến cử Viên Thế Khải lên làm tổng thống nước cộng hòa mới. Viên Thế Khải từ chối chuyển đến Nam Kinh và khăng khăng tiếp tục duy trì thủ đô là Bắc Kinh, nơi cơ sở quyền lực của ông được đảm bảo.

Phản ứng trước chủ nghĩa chuyên chế đang manh nha của Viên Thế Khải, các tỉnh miền nam nổi dậy vào năm 1913, nhưng bị lực lượng Bắc Dương đè bẹp hiệu quả. Các thống đốc dân sự bị thay thế bởi các thống đốc quân sự. Tháng 12 năm 1915, Viên Thế Khải cho thấy rõ ý định trở thành Hoàng đế Trung Quốc và thành lập một triều đại mới. Các tỉnh phía nam lại một lần nữa nổi dậy trong Chiến tranh hộ quốc; nhưng lần này, tình hình nghiêm trọng hơn nhiều vì hầu hết chỉ huy Bắc Dương đều từ chối công nhận chế độ quân chủ. Viên Thế Khải từ bỏ khôi phục chế độ quân chủ để tranh thủ trở lại sự ủng hộ từ các thuộc cấp của mình, nhưng tới thời điểm ông qua đời vào tháng 6 năm 1916, nền chính trị Trung Quốc đã hoàn toàn vỡ vụn. Tình trạng phân chia Bắc–Nam tồn tại dai dẳng trong suốt Thời đại quân phiệt.